Το Αγαθονήσι με τα γύρω μικρά νησιά αναφέρεται σε διάφορες φιλολογικές πηγές ως Τραγαία νήσος (Θουκυδίδης), Τραγαίαι νήσοι (Στράβων) δηλαδή νησί με πολλά κατσίκια και ως Υετούσα (νησί με πολλά νερά). Ανήκε στα λεγόμενα μηλισιακά νησιά που αποτελούσαν από τον 4ο π.Χ. αιώνα στρατιωτικές επανδρώσεις της ιωνικής μητρόπολης της Μιλήτου.
Η Τραγαία είναι η πατρίδα του φιλοσόφου Θεογείτονος, μαθητού του Αριστοτέλη. Σύμφωνα με τον Θουκυδίδη, οι πρώτοι κάτοικοι του νησιού φαίνεται ότι ήταν οι Κάρες, που ζούσαν στα δυτικά παράλια της Μικράς Ασίας και τη Σάμο. Κατά τους ιστορικούς χρόνους μετά τους Κάρες, οι Δωριείς και οι Ίωνες της Μιλήτου εποίκισαν διαδοχικά το νησί. Λόγω της γεωγραφικής του θέσης οι κάτοικοί του έγιναν μάρτυρες πολλών ναυμαχιών όπως η ναυμαχία της Λάδης το 494π.Χ. μεταξύ του Περσικού που ηγείτο ο Δαρείος και του Ιωνικού στόλου, ενώ το 440π.Χ. κοντά στο νησί ο Περικλής ναυμάχησε με το στόλο των Σαμίων.
Ο Πλούταρχος αναφέρει ότι το 74π.Χ., ο Ιούλιος Καίσαρας, καθώς έπλεε από την Ιταλία προς τη Μικρά Ασία, πιάστηκε από πειρατές της Τραγαίας και κρατήθηκε στο Φαρμακονήσι.
Βυζαντινή και μετα-Βυζαντινή περίοδος
Κατά τη βυζαντινή περίοδο πιθανότατα εποικίστηκε από βυζαντινούς εξόριστους στους οποίους, λέγεται, οφείλεται και το σημερινό γλωσσικό ιδίωμα των κατοίκων του, μια ιδιαίτερα καθαρή ελληνική διάλεκτος. Το νησί εποικίστηκε και εγκαταλείφθηκε πολλές φορές από τους κατοίκους του, λόγω δυσμενών συνθηκών, με τελευταία εγκατάσταση αυτή Πατμίων και Φουρνιωτών, στις αρχές του 19ου αιώνα. Για πολλούς αιώνες οι πηγές σιωπούν. «Ακατοίκητο» χαρακτηρίζεται από τον φημισμένο Οθωμανό κουρσάρο Πιρί Ρέις στο σημαντικό λιμενοδείκτη και περίπλου, στο λεγόμενο Βιβλίο των Θαλασσών (1521), που συνέγραψε ο ίδιος, ενώ πολλοί είναι οι περιηγητές και χαρτογράφοι του Μεσαίωνα που διατυπώνουν την ίδια άποψη. Εξαιρετικά ενδιαφέροντα στοιχεία για την ιστορία του Αγαθονησίου περιείχε ο σήμερα χαμένος «Ισοκώδικας των Τραγίων» του 12ου–13ου αι., που αναφερόταν σε έγγειες ιδιοκτησίες του νησιού και φυλασσόταν στο μοναστήρι Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου στην Πάτμο.
Το 1087 το Αγαθονήσι περιήλθε στην κυριότητα της Ιεράς Μονής Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου στην Πάτμο με το χρυσόβουλλο του αυτοκράτορα Αλεξίου Α΄ Κομνηνού, με το οποίο παραχωρούνταν στον ιδρυτή της Μονής, τον όσιο Χριστόδουλο το Λατρινό, η Πάτμος και τα γύρω νησιά.
Για την αρχαιολογική κληρονομιά του Αγαθονησίου, σημαντικές πληροφορίες αντλούνται από τις σημειώσεις του αρχιμανδρίτη Γεράσιμου Σμυρνάκη στο πολύτιμο χειρόγραφό του «Η Μυστηριοφύλαξ Νήσος του Θεολόγου η Καλουμένη Πάτμος, καθώς και στον πολιτιστικό οδηγό «Αγαθονήσι» του Αγαθονησιώτη δασκάλου Κωνσταντίνου Κόττορου.
Ο νεότερος εποικισμός στο νησί έγινε από Πάτμιους και Φουρνιώτες εποίκους στα μέσα του 19ου αιώνα. Τότε κτίσθηκε το Μικρό ή Παλαιό Χωριό χαρακτηριστικό δείγμα της τοπικής παραδοσιακής αρχιτεκτονικής.
Μέχρι το 14ο αιώνα μ.Χ. ήταν κρησφύγετο πειρατών, ενώ το 1522 πέρασε κι αυτό στην κατοχή των Τούρκων. Στις 6 Αυγούστου 1824 κατέφυγε εδώ ο ηττημένος τουρκοαιγυπτιακός στόλος, ενώ στις 29 Αυγούστου 1824, διεξήχθη στα ανατολικά του νησιού η ναυμαχία του Γέροντα.
Το 1912, το Αγαθονήσι, ακολουθώντας τη μοίρα των Δωδεκανήσων, περιήλθε στην ιταλική κατοχή, το 1943 το κατέλαβαν οι Γερμανοί και ενσωματώθηκε οριστικά στην Ελλάδα στις 7 Μαρτίου 1948.
Ιστορικοί χώροι – Μνημεία
Επιφανειακές αρχαιολογικές έρευνες στο Αγαθονήσι επακολούθησαν κατά καιρούς από την Αρχαιολογική Υπηρεσία, στις δεκαετίες του 1980 και 1990. Η συστηματική τοπογραφική αποτύπωση και κατόπιν διερεύνηση των αρχαιοτήτων άρχισε από τον δρ. Παύλο Τριανταφυλλίδη αρχαιολόγο το 2001 με τη βοήθεια Αγαθονησιωτών.
Κατά τις έρευνες αυτές ο δρ. Παύλος Τριανταφυλλίδης εντόπισε παλαιότερες, και διαπίστωσε νέες αρχαιολογικές θέσεις, οι οποίες χρονολογούνται από την προϊστορική έως και την πρωτοβυζαντινή περίοδο. Συγκεκριμένα, οι θέσεις Κεφάλα και Καλύβια χρονολογούνται στην ύστερη 3η χιλιετία π.Χ., στους ιστορικούς χρόνους οι θέσεις Καρλαμπουκιά, Αλώνια, Άγιος Κωνσταντίνος, Κλεφτός, Μικρό Δαμάκι ή Δαμάκια, Μπενέτου, Πρεζιβόλια και Καβί, (ελληνιστική-ρωμαϊκή περίοδος) και στους παλαιοχριστιανικούς – πρωτοβαζαντινούς χρόνους οι θέσεις Τσαγγάρης, Άγιος Ιωάννης και Θόλοι.
Από τα μνημεία των ιστορικών χρόνων ξεχωριστό ενδιαφέρον έχει το υπαίθριο ελληνιστικό ιερό των ανατολικών θεοτήτων στη θέση Καβί, στο νοτιοανατολικό τμήμα του νησιού, με εγχάρακτα αποτυπώματα πελμάτων και αφιερωματικών επιγραφών στο φυσικό αλάξευτο βράχο της περιοχής.
Βορείως του οικισμού του Μεγάλου Χωριού, στη νότια και ανατολική κλιτύ του βουνού Κλεφτός – τοπωνύμιο που δηλώνει τη βιαστική απόκρυψη θησαυρών – εντοπίσθηκαν ορατά διάσπαρτα λείψανα αρχιτεκτονικών μελών από οικοδομικά κατάλοιπα, τα οποία σχετίζονται πιθανώς με τον αρχαίο οικισμό της Τραγαίας.
Το καστράκι
Από το 2010, το μέχρι προ ολίγων ετών ανεξερεύνητο Αγαθονήσι, έχει στη θέση Καστράκι έναν εκτεταμένο αρχαιολογικό χώρο. Ένα αρχαίο λιμάνι με τις οχυρώσεις του, τις στρατιωτικές εγκαταστάσεις του για τον ελλιμενισμό πολεμικών πλοίων, ένα ιερό, μια τεράστια μελισσοκομική μονάδα και ένα εργαστήριο πορφύρας. Και επειδή το ανασκαφικό υλικό είναι πλούσιο -πολλά κινητά ευρήματα έρχονται συνεχώς στο φως, προγραμματίζεται να κτιστεί εκεί κι ένα μικρό μουσείο (300τ.μ.).
Όλα ξεκίνησαν το 2000, όταν ο αρχαιολόγος Παύλος Τριανταφυλλίδης, της ΚΒ” Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων Ρόδου, κλήθηκε να πάει στο Αγαθονήσι για να ελέγξει τη θέση στην οποία επρόκειτο να εγκατασταθεί μια μονάδα αφαλάτωσης. Τότε, καθ’ υπόδειξιν του δημάρχου, πήγε να δει και τα σκόρπια αρχαία της βόρειας πλευράς. Δρόμος δεν υπήρχε. Τώρα υπάρχει.
Πήρε μια μικρή βάρκα και πήγε διά θαλάσσης.
«Τα αρχαία ήταν μέσα στα χόρτα, τα αγκάθια και τα σκίνα» θυμάται ο αρχαιολόγος. Ήταν ορατά οικοδομικά λείψανα, κυρίως οχυρωματικοί τοίχοι σε ένα βραχώδη λόφο και διάσπαρτα πάμπολλα επιφανειακά ευρήματα, όπως πήλινα και λίθινα αγγεία των ελληνιστικών και πρώιμων ρωμαϊκών χρόνων.
Με τη συνδρομή της Τοπικής Αυτοδιοίκησης και ιδιωτικές χορηγίες, το 2006 ξεκίνησε συστηματική ανασκαφή. Τα ευρήματα ήταν εντυπωσιακά. Το αγκάλιασε η πολιτεία και το υποστήριξε θερμά η Γ.Γ. Πολιτισμού, Λίνα Μενδώνη.
Στον όρμο του Μαΐστρου έχει βρεθεί ένα λιμάνι των Ελληνιστικών χρόνων (ύστερος 4ος–πρώιμος 3ος αιώνας π.Χ.) που περικλείεται από ισχυρούς οχυρωματικούς τοίχους (πάχους 1,80–2,00 μ.). Το αρχαίο λιμάνι ήταν επανδρωμένο στρατιωτικά από τη Μίλητο. Ήταν ναυτική βάση της Μιλήτου, καθώς το Αγαθονήσι, η Λέρος, οι Λειψοί και η Πάτμος αποτελούσαν τα λεγόμενα Μιλησιακά νησιά. Δηλαδή τα νησιά που χρησιμοποιούσε η Μίλητος ως πέρασμα προς το Αιγαίο.
Έχουν εντοπιστεί λαξεύματα στο βράχο που σχετίζονται με τις εγκαταστάσεις ελλιμενισμού των ευέλικτων πολεμικών, ελαφρών πλοίων. Και τι εστί Τραγαία; Είναι η αρχαία ονομασία του Αγαθονησιού. Το λιμάνι που έχει βρεθεί είναι το αρχαίο επίνειο της πόλης Τραγαίας, ενός παράκτιου οικισμού γνωστού μόνον από φιλολογικές πηγές. Η εικόνα του λιμανιού δεν είναι επίπεδη. Πρόκειται για ένα λόφο σκαλιστό σε τρία επίπεδα. Στο ανώτερο επίπεδο είναι ο Πύργος, στο μεσαίο το Ιερό του Διδυμαίου Απόλλωνος και Ανατολικών θεοτήτων και στο τρίτο μια μεγάλη μονάδα μελισσοκομίας και εργαστήρια πορφύρας.
Ήταν οι μεγαλύτεροι προμηθευτές μελιού και πορφύρας στο Αιγαίο. Έχουν βρεθεί 15.000 κυψέλες και έχουν ανιχνευθεί γυρεόκοκκοι από άγριο πεύκο, που σημαίνει πως το νησί εκείνη την εποχή ήταν γεμάτο πεύκα και θυμάρι. Τώρα έχει μείνει μόνο το θυμάρι.
Το μέλι χρησίμευε και ως σταθεροποιητικό στοιχείο στη βαφή των υφασμάτων με πορφύρα, μας εξηγεί ο κ.Τριανταφυλλίδης. Η πορφύρα βγαίνει από το ζωύφιο που υπάρχει σε ένα αγκαθωτό όστρακο. Πορφύρες υπάρχουν σε αφθονία ακόμη και σήμερα σ” εκείνη την περιοχή. Το βαφείο συνίσταται σε δύο δεξαμενές σε δύο επίπεδα, που επικοινωνούσαν μεταξύ τους με το σύστημα της υπερχείλισης.
Η στενή σχέση των κατοίκων του νησιού με τη Μίλητο αποδεικνύεται και από την ανεύρεση σημαντικού αριθμού χάλκινων και αργυρών νομισμάτων κοπής Μιλήτου και της Καρικής δυναστείας των Εκατομνιδών του 4ου αιώνα π.Χ. Έχουν βρεθεί επίσης πήλινα ειδώλια του τύπου της Ταναγραίας, του ύστερου 4ου αιώνα π.Χ., υφαντικά βάρη, ενσφράγιστες λαβές αμφορέων (ροδιακού και κνιδιακού τύπου), μεγάλες ποσότητες κεραμικής και σιδηρομεταλλευμάτων.
Το πιο ενδιαφέρον όμως από τα ευρήματα είναι ένα πήλινο ενσφράγιστο κεραμίδι με την πρώτη επίσημη επιγραφή του Αγαθονησιού, του ύστερου 2ου και πρώιμου 1ου αιώνα π.Χ., που αναφέρεται σε πολεμική νίκη της Μιλησιακής μητρόπολης χάριν της οποίας ιδρύθηκε το παρόδιο ιερό, πιθανώς του Διός Λυκίου, στον οχυρωμένο παράκτιο οικισμό του νησιού. Ο οικισμός εγκαταλείφθηκε το πρώτο μισό του 2ου αιώνα μ.Χ., έπειτα από σεισμό (155/156μ.Χ.) που συγκλόνισε τη Μ. Ασία και επέφερε ανεπανόρθωτες βλάβες στο οχυρό.
